Merchants of Doubt neemt het publiek mee op een grappige satirische maar ook verhelderende tocht door de Amerikaanse lobbyindustrie. Filmmaker Robert Kenner belicht een geheimzinnige groep charismatische, vlotte onderzoekers die inhuurbaar zijn en die zichzelf in de media presenteren als wetenschappelijke deskundigen – maar die tot doel hebben zoveel mogelijk twijfel te zaaien over goed onderbouwde onderzoeken over de gevaren van giftige stoffen, geneesmiddelen en klimaatverandering.