Abouna wordt verteld vanuit het gezichtspunt van de twee broertjes Amine, (acht jaar) en Tahir (vijftien jaar). Hun leven verandert drastisch wanneer hun vader ervandoor gaat. In een bioscoop zien ze hun vader tot hun verrassing als acteur op het witte doek. Hun moeder stuurt ze naar een koranschool, waar ze moeten worden opgevoed tot nette jongens. Verlaten door hun vader en weggestuurd door hun moeder, hebben de jongens het niet gemakkelijk op de strenge school. Lichtpuntjes zijn er gelukkig ook: één van de verzorgsters heeft een zwak voor Amine, en tussen Tahir en een doofstom meisje bloeit iets moois op.
Scenarist en regisseur Haroun maakt met het prachtig gefotografeerde Abouna de belevingswereld voelbaar van kinderen die zonder hun ouders opgroeien. Zonder sentimentaliteit en met ingetogen acteerwerk en een subtiele montage laat de film overtuigend zien hoe kinderen daaraan ten onder kunnen gaan. De muziek van de Malinese gitarist Ali Farka Touré levert een belangrijke bijdrage aan de sfeer van de film. Abouna (mede-ondersteund door het Hubert Bals Fonds van het IFFR) is een fraai voorbeeld van pan-Afrikaanse cinema: de film werd gedraaid in Tsjaad en Kameroen en mede geproduceerd door Abderrahmane Sissako (Heremako, Bamako).