Kubo leeft een normaal rustig leven in een klein dorpje in het oude Japan waar hij voor zijn zieke moeder zorgt en verhalen vertelt. Een geest uit het verleden verandert alles wanneer deze een eeuwenoude ruzie oprakelt en Kubo moet op de vlucht voor goden en monsters. Om te kunnen overleven moet hij op zoek naar een magisch harnas dat ooit aan zijn vader, een legendarische samoeraikrijger, toebehoorde.
